مهم­ترين اهداف جشنواره:
1)  تعميق نگاه به نقش علوم اسلامي و علوم انساني با رویکرد اسلامی در توليد علم؛
2) ارتقای کمی و کیفی آثار پژوهشی در المصطفی؛
3) ایجاد انگیزه، تشویق و حمایت از فعالیت­های علمی – پژوهشی طلاب، فضلاء و پژوهشگران المصطفی؛
4)   تقویت و توسعه ظرفیت­های علمی – پژوهشی طلاب، فضلاء و پژوهشگران المصطفی؛
5) تلاش در جهت كاربردي نمودن علوم اسلامي و علوم انساني با رویکرد اسلامی از طريق شناسايي مهم­ترين مسائل، در گستره جهان اسلام؛
6) رصد و ارزیابی حرکت پژوهشی در المصطفی.